يعتبر البحث العلمي والدراسات العليا ركيزتان أساسيتان من ركائز النشاط الأكاديمي في جامعة البترا وتتولى عمادة البحث العلمي والدراسات العليا الإشراف على هذه الأنشطة، وفق الهيكل التنظيمي التالي:

 

 

 

يتولى " مجلس البحث العلمي" دعم الأنشطة البحثية في الجامعة وينظر في دعم مشاريع الأبحاث والمؤلفات وطلبات حضور المؤتمرات العلمية المحلية والإقليمية والدولية، إضافة لدعم الندوات والمؤتمرات العلمية في الجامعة.